藍(lán)景科信DAP-seq（DNA親和純化測序）技術(shù)服務(wù)實(shí)驗(yàn)分析流程
100+物種，1000+轉(zhuǎn)錄因子的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)。
無需抗體，高通量鑒定轉(zhuǎn)錄因子的下游基因，藍(lán)景科信已助力客戶在許多期刊發(fā)表文章，例如：Molecular Plant，The Plant Cell，Plant Physiology等。
藍(lán)景科信DAP-seq（DNA親和純化測序）技術(shù)服務(wù)實(shí)驗(yàn)分析流程
在功能基因組學(xué)和表觀遺傳學(xué)研究中，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)（TFBS）的發(fā)掘一直是研究熱點(diǎn)。傳統(tǒng)的ChIP-seq（染色質(zhì)免疫共沉淀測序）方法，在抗體質(zhì)量很好的情況下能夠有效檢測到TFBS。然而，好的抗體可遇不可求，這限制了ChIP-seq更廣泛的應(yīng)用。
DAP-seq技術(shù)的出現(xiàn)，使TFBS 的研究不再局限于物種，不再受抗體質(zhì)量的限制，為生命科學(xué)領(lǐng)域轉(zhuǎn)錄因子的研究提供了新的有效工具。
DAP-seq與ChIP-seq技術(shù)對比
| 技術(shù)名稱 | DAP-seq | ChIP-seq |
| 實(shí)驗(yàn)?zāi)Ｊ?/span> | 體外 | 體內(nèi) |
| 是否需要特異性抗體 | 否 | 是 |
| 是否適用于非模式物種 | 是 | 否 |
| 時(shí)間成本 | 低 | 高 |
| 是否高通量 | 是 | 否 |
| 服務(wù)項(xiàng)目 | 周期 | 交付結(jié)果 | 報(bào)價(jià) |
| 蛋白表達(dá)載體構(gòu)建 | 1-2周 | 構(gòu)建載體的測序結(jié)果 實(shí)驗(yàn)過程圖 原始測序數(shù)據(jù) 分析結(jié)果 | 詳細(xì)報(bào)價(jià)請電詢 |
| 蛋白無細(xì)胞表達(dá) | 1-2周 | ||
| DAP-seq文庫構(gòu)建 | 1周 | ||
| DNA親和純化 | 1-2周 | ||
| 上機(jī)測序 | 2周 | ||
| 標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)分析 | 2周 |
| 已做物種 | ||||||||
| 植物 | ||||||||
| 擬南芥 | 莖瘤芥 | 甘藍(lán)型油菜 | 白菜型油菜 | 不結(jié)球白菜 | 菜心 | 小麥 | 大麥 | 花生 |
| 辣椒 | 番茄 | 草莓 | 黃花棘豆 | 苦蕎 | 紅薯 | 木薯 | 馬鈴薯 | 普通煙草 |
| 人參 | 鴨茅 | ying su | 甘蔗 | 短芒大麥草 | 二色補(bǔ)血草 | 煙草 | 百脈根 | 芍藥 |
| 丹參 | 狗尾草 | 菠菜 | 玉米 | 大豆 | 高粱 | 藜麥 | 陸地棉 | 甜瓜 |
| 黃瓜 | 葡萄 | 灰氈毛忍冬 | 粉葛 | 三葉青 | 獼猴桃 | 香蕉 | 蒺藜苜蓿 | 紫花苜蓿 |
| 伴礦景天 | 苔蘚 | 地錢 | 毛果楊 | 717楊 | 84K楊 | 小黑楊 | 胡楊 | 山新楊 |
| 小葉楊 | 歐美楊 | 大青楊 | 毛白楊 | 剛毛檉柳 | 白樺 | 光皮樺 | 油松 | 毛竹 |
| 麻竹 | 銀杏 | 油桐 | 荔枝 | 柑橘 | 甜橙 | 歐洲云杉 | 核桃 | 柿子 |
| 閩楠 | 木荷 | 臍橙 | 板栗 | 棗 | 枳 | 杜梨 | 蘋果 | 桃 |
| 櫻桃 | 麻瘋樹 | 茶樹 | 梅 | 月季 | 海島棉 | |||
| 動物 | ||||||||
| 驢 | 飛蝗 | 新孢子蟲 | ||||||
| 真菌 | ||||||||
| 擬輪枝鐮孢菌 | 豬苓真菌 | 意大利青霉 | 草酸青霉 | 腐霉 | 金黃殼囊孢 | 靈芝 | 糙皮側(cè)耳 | 草菇 |
| 灰蓋鬼傘 | 蟲草 | 亞洲鐮刀菌 | ||||||
| 細(xì)菌 | ||||||||
| 路德維希腸桿菌 | 嗜熱厭氧桿菌 | 生氮假單胞菌 | 伯克赫爾德氏菌 | 布魯氏菌 | 肺炎克雷伯菌 | |||
合作案例：
Wang L, Yao J, Wu N, Ahmad B, Nocker S, Wu JY, Abudureheman R, Li Z, Wang XP. Control of ovule development in Vitis vinifera by VvMADS28 and interacting genes. Horticulture Research. 2023. doi: 10.1093/hr/uhad070. (IF=7.291)
Wang L, Tian T, Liang J, Li R, Xin X, Qi Y, Zhou Y, Fan Q, Ning G, Becana M, Duanmu D. A transcription factor of the NAC family regulates nitrate-induced legume nodule senescence. New Phytol. 2023 Mar 22. doi: 10.1111/nph.18896. (IF=10.323)
Sun Y, Han Y, Sheng K, Yang P, Cao Y, Li H, Zhu QH, Chen J, Zhu S, Zhao T. Single-cell transcriptomic analysis reveals the developmental trajectory and transcriptional regulatory networks of pigment glands in Gossypium bickii. Mol Plant. 2023. doi: 10.1016/j.molp.2023.02.005. (IF=21.949)
Liu Y, Liu Q, Li X, Zhang Z, Ai S, Liu C, Ma F, Li C. MdERF114 enhances the resistance of apple roots to Fusarium solani by regulating the transcription of MdPRX63. Plant Physiol. 2023. doi: 10.1093/plphys/kiad057. (IF=8.005)
Liu YN, Wu FY, Tian RY, Shi YX, Xu ZQ, Liu JY, Huang J, Xue FF, Liu BY, Liu GQ. The bHLH-zip transcription factor SREBP regulates triterpenoid and lipid metabolisms in the medicinal fungus Ganoderma lingzhi. Commun Biol. 2023. doi: 10.1038/s42003-022-04154-6. (IF=6.548)
Liu L, Chen G, Li S, Gu Y, Lu L, Qanmber G, Mendu V, Liu Z, Li F, Yang Z. A brassinosteroid transcriptional regulatory network participates in regulating fiber elongation in cotton. Plant Physiol. 2022. doi: 10.1093/plphys/kiac590. (IF=8.005)
Li M, Hou L, Zhang C, Yang W, Liu X, Zhao H, Pang X, Li Y. Genome-Wide Identification of Direct Targets of ZjVND7 Reveals the Putative Roles of Whole-Genome Duplication in Sour Jujube in Regulating Xylem Vessel Differentiation and Drought Tolerance. Front Plant Sci. 2022 Feb 4;13:829765. doi: 10.3389/fpls.2022.829765. (IF=6.627)
Bi Y, Wang H, Yuan X, Yan Y, Li D, Song F. The NAC transcription factor ONAC083 negatively regulates rice immunity against Magnaporthe oryzae by directly activating transcription of the RING-H2 gene OsRFPH2-6. J Integr Plant Biol. 2022. doi: 10.1111/jipb.13399. (IF=9.106)
Guo X, Yu X, Xu Z, Zhao P, Zou L, Li W, Geng M, Zhang P, Peng M, Ruan M. CC-type glutaredoxin, MeGRXC3, associates with catalases and negatively regulates drought tolerance in cassava (Manihot esculenta Crantz). Plant Biotechnol J. 2022. doi: 10.1111/pbi.13920. (IF=13.263)
Chai Z, Fang J, Huang C, Huang R, Tan X, Chen B, Yao W, Zhang M. A novel transcription factor, ScAIL1, modulates plant defense responses by targeting DELLA and regulating gibberellin and jasmonic acid signaling in sugarcane. J Exp Bot. 2022. 73: 6727-6743. doi: 10.1093/jxb/erac339. (IF=7.298)
Li R, Zheng W, Yang R, Hu Q, Ma L, Zhang H. OsSGT1 promotes melatonin-ameliorated seed tolerance to chromium stress by affecting the OsABI5-OsAPX1 transcriptional module in rice. Plant J. 2022. 112: 151-171. doi: 10.1111/tpj.15937. (IF=5.726)
Li Q, Zhou L, Chen Y, Xiao N, Zhang D, Zhang M, Wang W, Zhang C, Zhang A, Li H, Chen J, Gao Y. Phytochrome interacting factor regulates stomatal aperture by coordinating red light and abscisic acid. Plant Cell. 2022. 34: 4293-4312. doi: 10.1093/plcell/koac244. (IF=12.085)
Luo M, Lu B, Shi Y, Zhao Y, Wei Z, Zhang C, Wang Y, Liu H, Shi Y, Yang J, Song W, Lu X, Fan Y, Xu L, Wang R, Zhao J. A newly characterized allele of ZmR1 increases anthocyanin content in whole maize plant and the regulation mechanism of different ZmR1 alleles. Theor Appl Genet. 2022. 135: 3039-3055. doi: 10.1007/s00122-022-04166-0. (IF=5.574)
Wei H, Xu H, Su C, Wang X, Wang L. Rice CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1 transcriptionally regulates ABA signaling to confer multiple abiotic stress tolerance. Plant Physiol. 2022. 190: 1057-1073. doi: 10.1093/plphys/kiac196. (IF=8.005)
Tang N, Cao Z, Yang C, Ran D, Wu P, Gao H, He N, Liu G, Chen Z. A R2R3-MYB transcriptional activator LmMYB15 regulates chlorogenic acid biosynthesis and phenylpropanoid metabolism in Lonicera macranthoides. Plant Sci. 2021. 308: 110924. doi: 10.1016/j.plantsci.2021.110924. (IF=5.363)
Liang S, Gao X, Wang Y, Zhang H, Yin K, Chen S, Zhang M, Zhao R. Phytochrome-interacting factors regulate seedling growth through ABA signaling. Biochem Biophys Res Commun. 2020. 526: 1100-1105. doi: 10.1016/j.bbrc.2020.04.011. (IF=3.322)
Yao J, Shen Z, Zhang Y, Wu X, Wang J, Sa G, Zhang Y, Zhang H, Deng C, Liu J, Hou S, Zhang Y, Zhang Y, Zhao N, Deng S, Lin S, Zhao R, Chen S. Populus euphratica WRKY1 binds the promoter of H+-ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance. J Exp Bot. 2020. 71: 1527-1539. doi: 10.1093/jxb/erz493. (IF=5.36)
藍(lán)景科信DAP-seq（DNA親和純化測序）技術(shù)服務(wù)實(shí)驗(yàn)分析流程
其他服務(wù)：
NGS測序服務(wù)：微生物多樣性測序、RNA-seq、被子植物353個(gè)單拷貝核基因靶向捕獲測序
生物分子互作：DAP-seq、ChIP-seq，ATAC-seq，酵母單雜服務(wù)，EMSA，DNA Pull Down，Halo/GST pull down
蛋白表達(dá)：有原核/真核無細(xì)胞，大腸桿菌，酵母，昆蟲細(xì)胞，哺乳細(xì)胞5種蛋白表達(dá)系統(tǒng)可供選擇
DAP-seq是基于DNA親和純化，通過體外表達(dá)轉(zhuǎn)錄因子鑒定TFBS的技術(shù)，具有不受抗體和物種限制，且高通量的優(yōu)勢，自該技術(shù)問世以來，已被廣泛應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄調(diào)控和表觀組學(xué)的研究。能幫助您快速找到轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)，尋找轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的靶基因。
