流動相不過濾
由于灰塵或任何其他雜質顆粒會磨損柱塞、密封圈、氣缸體和單向閥，所以移動相中的任何固體顆粒都應提前清除。流動相在玻璃容器中蒸餾，常用的方法是過濾。可使用微孔過濾器（0.2μm或0.45μm）泵的入口應連接到砂濾棒(或片)上*過濾器應經常清洗或更換。
使用后沒有及時清洗泵
流動相不得含有任何腐蝕性物質，含有緩沖劑的流動相不得留在泵中，特別是在泵停止過夜或更長的情況下如果含有緩沖液的流動相留在泵內，由于蒸發或泄漏，甚至僅僅由于溶液的靜止位置，都有可能析出細小的鹽晶體，這些鹽晶體會作為上述固體顆粒損壞密封圈和柱塞因此，需要泵純水以*清潔泵，并用適合色譜柱保存和泵維護的溶劑（甲醇或甲醇-水用于反相粘結硅膠固定相）進行更換。
流動相走空
泵工作時注意防止溶劑瓶內流動相用盡否則空泵運行時也會磨損柱塞、氣缸或密封圈終產生泄漏。
如果沒有流動相位流出和壓力指令怎么辦？
泵里可能有大量的氣體。此時，可以打開減壓閥，使泵以大流量（如5ml/min）運轉，排出氣泡。也可以在泵出口使用50ml注射器幫助抽取氣體另一個可能的原因是密封圈磨損了，需要更換。
壓力和流量不穩了？
原因可能是氣泡，需要消除；也可能是止回閥內有異物，可以清除并浸入丙酮中進行超聲波清洗。有時在砂濾棒中可能存在氣泡，或者被鹽或繁殖微生物的細顆粒堵塞，當可以通過超聲去泡去除和浸沒在流動相中的砂過濾器棒時，或者可以將砂過濾棒浸入稀酸(例如4mol/L硝酸)中，以快速除去微生物，或者在立即清洗之前溶解鹽。
壓力為啥過高或過低？
可能是管路堵塞，需要清洗壓力較低的原因可能是管道泄漏逐段檢查堵塞或泄漏情況。
在梯度洗脫中，由于多種溶劑的混合和組成的變化，有一些特殊的問題需要充分注意：
在液相色譜儀中，復雜樣品采用梯度洗脫在同一分析循環中，流動相的濃度比按一定的步驟不斷變化，稱為梯度洗脫。因此，根據合適的容量因子K，可以很好地分離出復雜樣品中不同性質的組分。
梯度洗脫的優點：1.縮短分析周期；2.提高分離能力；3.峰型得到改善，很少拖尾；4.增加靈敏度。但有時引起基線漂移。）
梯度洗脫的流動相選擇不當
注意溶劑的混溶性，不混溶的溶劑不能用作梯度洗脫的流動相有些溶劑可按一定比例混溶，超出范圍不能混溶，使用時應注意。當混合有機溶劑和緩沖劑時，鹽晶體也可以沉淀，特別是當使用磷酸鹽時。
忽略的空白梯度洗脫
梯度洗脫所用溶劑的純度較高，以確保良好的重現性樣品分析前必須進行空白梯度洗脫，以識別溶劑雜質峰，因為弱溶劑中的雜質在色譜柱富集后將被強溶劑洗脫用于梯度洗脫的溶劑需要*脫氣，以防止在混合時氣泡。
忽略了溶劑混合所帶來的粘度變化
混合溶劑的粘度往往隨組成的變化而變化，因此在梯度洗脫過程中壓力往往會發生變化。例如，甲醇和水的粘度較小。當它們以相同的比例混合時，粘度增加很多。此時，柱壓約為流動相甲醇或水的兩倍因此，應注意防止梯度洗脫過程中的壓力超過*或色譜柱承受的大壓力。
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