電磁流量計使用中的常見故障，有的是由于儀表本身元器件損壞引起的故障，有的是由于選用不當、安裝不妥、環境條件、流體特性等因素造成的故障，如顯示波動、精度下降甚至儀表損壞等。它一般可以分為兩種類型：安裝調試時出現的故障（調試期故障）和正常運行時出現的故障（運行期故障）。
（1）調試期故障調試期待故障一般出現在儀表安裝調試階段，一經排除，在以后相同條件下一般不會再出現。常見的調試期故障一般由安裝不妥、環境干擾以及流體特性影響等原因引起。
1）安裝方面通常是電磁流量傳感器安裝位置不正確引起的故障，常見的如將傳感器安裝在易積聚氣體的管系高點；或安裝在自上而下的垂直管上，可能出現排空；或傳感器后無背壓，流體直接排入大氣而形成測量管內非滿管。
2）環境方面通常主要是管道雜散電流干擾，空間強電磁波干擾，大型電機磁場干擾等。管道雜散電流干擾通常采取良好的單獨接地保護就可獲得滿意結果，但如遇到強大的雜散電流（如電解車間管道，有時在兩電極上感應的交流電勢峰值Vpp可高達1V），尚需采取另外措施和流量傳感器與管道絕緣等。空間電磁波干擾一般經信號電纜引入，通常采用單層或多層屏蔽予以保護。
3）流體方面被測液體中含有均勻分布的微小氣泡通常不影響電磁流量計的正常工作，但隨著氣泡的增大，儀表輸出信號會出現波動，若氣泡大到足以遮蓋整個電極表面時，隨著氣泡流過電極會使電極回路瞬間斷路而使輸出信號出現更大的波動。
低頻方波勵磁的電磁流量計測量固體含量過多漿液時，也將產生漿液噪聲，使輸出信號產生波動。
測量混合介質時，如果在混合未均勻前就進入流量傳感進行測量，也將使輸出信號產生波動。
電極材料與被測介質選配不當，也將由于化學作用或極化現象而影響正常測量。應根據儀表選用或有關手冊正確選配電極材料。
（2）運行期故障運行期故障是電磁流量計經調試并正常運行一段時期后出現的故障，常見的運行期故障一般由流量傳感器內壁附著層、雷電打擊以及環境條件變化等因素引起。
1）傳感器內壁附著層由于電磁流量計常用來測量臟污流體，運行一段時間后，常會在傳感器內壁積聚附著層而產生故障。這些故障往往是由于附著層的電導率太大或太小造成的。若附著物為絕緣層，則電極回路將出現斷路，儀表不能正常工作；若附著層電導率顯著高于流體電導率，則電極回路將出現短路，儀表也不能正常工作。所以，應及時清除電磁流量計測量管內的附著結垢層。
2）雷電打擊雷擊容易在儀表線路中感應出高電壓和浪涌電流，使儀表損壞。它主要通過電源線或勵磁線圈或傳感器與轉換器之間的流量信號線等途徑引入，尤其是從控制室電源線引入占絕大部分。
3）環境條件變化在調試期間由于環境條件尚好（例如沒有干擾源），流量計工作正常，此時往往容易疏忽安裝條件（例如接地并不怎么良好）。在這種情況下，一旦環境條件變化，運行期間出現新的干擾源（如在流量計附近管道上進行電焊，附近安裝上大型變壓器等），就會干擾儀表的正常工作，流量計的輸出輸出信號就會出現波動。