熒光定量PCR（qPCR）是以熒光為基礎的定量分析技術，應用非常廣泛，可以用于定量RNA的豐度（RT-qPCR），驗證芯片或測序的數據，確定病原體的載量，進行基因分型等等。
熒光定量PCR儀負責監控反應體系中熒光強度的變化，記錄檢測熒光達到閾值時的循環數（被稱為Ct或Cq值）。從理論上說，每一個qPCR循環會使目標序列翻倍，因此人們可以在Ct值的基礎上對樣本進行定量。
在進行熒光定量PCR時，我們往往會面臨眾多選擇，每一步選擇都影響著實驗的zui終結果。好在市面上的qPCR產品也種類繁多，可以滿足我們的各種需求。
染料法VS探針法熒光定量PCR主要分為染料法和探針法兩種。染料法一般采用DNA染料SYBR?Green（或Promega的BRYT?Green等），這種方法不僅使用簡單，成本也zui低。不過染料法檢測的是體系中的所有雙鏈DNA，不具有序列特異性。為此，一些廠商提供ROX作為內部熒光參考標準，用來校正背景。
成本低是染料法qPCR的一個主要優勢，DNA染料相對比較便宜，而且適用于任何序列。不過染料法無法在同一個樣本中檢測多個指標，也難以鑒定擴增得到的序列，會受到脫靶效應（如引物二聚體）的影響。在這種情況下，就需要進行熔解曲線分析，判斷擴增所得產物是否只有一種。
