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上海滬峰生物科技有限公司
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當宏基因組遇上單細胞測序

時間:2015-4-17閱讀:223
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    日前,研究人員通過宏基因組測序和單細胞測序鑒定了一類新細菌。16S rRNA基因序列的保守性和普遍性,使其成為了微生物檢測和分類鑒定的強有力工具。這種方法為科學家們揭示了微生物群體的高度復雜性,但它還是有所遺漏。

    基因組分析顯示,Kryptonia屬于擬桿菌門。擬桿菌門的成員一般生存在腸道或海洋中,而Kryptonia是其中*嗜熱菌。研究人員指出,Kryptonia可能是通過水平基因轉移從古生菌獲得這種能力的。16s rRNA檢測無法發現這種細菌,這是因為在通用引物的結合處發生了刪除事件。研究人員通過宏基因組測序和單細胞測序證實了這種細菌的存在,并將其命名為Kryptonia

    研究人員zui初是在對來自世界各地的四千多個樣本進行重新分析。他們在其中發現,有四個樣本含有新16s rRNA基因。隨后,他們通過四核苷酸頻率確定這幾個分離物有著相似的DNA圖譜,并且重建了Kryptonia的基因組。

    根據Kryptonia序列在宏基因組數據中的豐度,研究人員認為可以分離到單個Kryptonia細胞。于是他們進行了高通量的單細胞流式分選,果然得到了十幾個Kryptonia細胞,證明了這種新細菌的存在。

    研究人員在Kryptonia基因組中鑒定了與移動能力有關的鞭毛基因和趨化蛋白。他們還發現Kryptonia缺乏合成絕大多數氨基酸的基因,特別是合成*的關鍵基因,而這是一個相當古老的通路。研究人員推測Kryptonia可能有一個合成這些氨基酸的“小伙伴"。

    研究顯示,Kryptonia基因組5%的序列不匹配任何已知序列。這里面也許含有可供人們使用的基因,“Taq聚合酶就是來自于溫泉,它為PCR技術奠定了基礎,"研究人員說。

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