ELISA的檢測方法有直接發、間接法、競爭法基雙抗夾心法，其中直接法和競爭法應用較少，應有最多的是雙抗夾心法，其在敏感性基因特異性上有明顯的優勢。

1、直接法

將抗原固定于ELISA班上，然后用酶標抗體直檢測抗原。

相較于其他類型的ELISA實驗，直接ELISA實驗步驟少，檢測速度快，不需要用到二抗，避免了交叉反應，檢測結果不容易出錯。

但是由于直接ELISA的抗原不是特異性固定的，樣本中的靶蛋白及其他雜質蛋白都會與ELISA版結合，實驗背景會比較高，而且直接ELISA每種靶蛋白都需要準備能夠與其特異性結合的一抗，實驗不太靈活。另外由于沒有使用二抗，信號沒有被放大，降低了測定的靈敏度。

2、間接法

將抗原固定于ELISA班上，隨后分兩步進行檢測：首先加入檢測抗體于抗原特異性結合，隨后加入酶標二抗檢測并利用底物顯色。

于直接ELISA相比，間接ELISA用到酶標二抗，具有更高的靈敏度，也需要更少的標記抗體，更經濟，間接ELISA還提供了更大的靈活性。

缺點：存在交叉反應的可能性（酶標二抗直接與抗原結合），可能會增加背景，同時與直接ELISA相比，間接ELISA實驗多了二抗孵育的步驟，實驗周期延長。

3、夾心法

被檢測的抗原包被在兩個抗體之間，其中一個抗體將抗原固定于載體上，即捕捉抗體，另一個則是檢測抗體，此抗體可用酶標記后直接測定抗原的量，或不標記，再透過酶標記的二級抗體來測定抗原的量，這兩種抗體必須小心選取，才可以避免交互反應貨競爭相同額抗原結合部位。

4、競爭法

預先將抗原包被再固相載體上，并加入酶標記的特異性抗體，實驗時，加入待檢抗原（或抗體）。如果待檢物是抗原，則待檢抗原于預先包被再固相載體上的抗原競爭結合酶標抗體；如果待檢測物是抗體，則待檢抗體就與系統中原有的酶標抗體競爭結合包被再固相載體上的抗原，通過洗滌洗掉被競爭結合的酶標抗體，最后加底物顯色。

需要注意的是顯色結果與待檢抗原（或抗體）的量成反比。

競爭ELISA相對以上的三種方法更復雜一些，但以上三種ELISA類型都適用于競爭ELISA的形式，其主要有點在于可檢測不純的樣品，且數據再現性高，但存在整體敏感性和專一性較差的問題。