·貼壁細胞相比較懸浮細胞——在轉染效率方面貼壁細胞和懸浮細胞之間的差異顯著。相對于貼壁細胞（如HEK，CHO），懸浮細胞（如HL 60，Jurkat）非常難以轉染，可能是因為細胞間膜結構的差異，但目前還沒有分子水平上合理機制的解釋。
·分裂細胞相比較非分裂細胞——分裂細胞往往要比靜止細胞更易于攝取并表達外源DNA。因此對大多數轉染操作而言，細胞都在轉染當天或前一天種板。同樣重要的是細胞在種板進行轉染時不應處于過度生長的狀態；此外，還常用促有絲分裂刺激物（如，病毒轉化，生長因子，條件培養基，以及滋養細胞）來活化原代培養細胞。
·分板方案——在對培養細胞進行分板傳代培養之前，必須把貼壁細胞用胰蛋白酶消化使之脫離培養基質。這個常規操作可導致正常細胞功能受到嚴重損害。因此分批方案的不同（如，胰蛋白酶消化時間的長短，胰蛋白酶的滅活等）需要優化。
·傳代次數——傳代次數是指對一個細胞系進行分批傳代的頻度（通常在一個實驗室范圍內）。某些細胞系相比較其他細胞系而言較不穩定，可能會隨著培養時間的延長而改變，視不同的細胞系和培養條件而定。因此名稱相同的同一細胞系在形態學（以及轉染能力）性質也可能會有很大的差異。一般而言，細胞在凍存復蘇后的一兩代之內或直到它們*復蘇之前都很難轉染。
·細胞數量（融合率）——只要培養基質（組織培養皿）尚有空間，細胞就會按指數規律分裂。對于正常細胞而言，細胞生長的速度受細胞密度大小的抑制（接觸抑制），但癌細胞則不受此限制而會繼續生長并可互相疊加。營養物質的耗竭以及代謝廢物的積聚會影響所有的細胞生長。細胞會因受到營養物質匱乏的壓力而不適于轉染。報告基因的表達率與轉染開始時的細胞數量和細胞健康以及細胞溶解之前的生長情況相關。
·培養物污染——培養物可被細菌、酵母、真菌、病毒、支原體、甚至其他細胞種類所污染。各種污染都會導致產生錯誤的結果。
·支原體污染——支原體污染在所有培養細胞中的比例為5-35%，它可改變細胞生長特性，酶的作用途徑，細胞膜的組成，染色體結構，以及轉染效率。特別是，支原體對采用脂質、DEAE-右旋糖酐、磷酸鈣或腺病毒介導的轉染技術有所干擾，其結果致使非典型轉染或轉染效率偏低。這些影響會導致實驗結果的不可靠以及時間和珍貴細胞系的損失。和細菌及真菌不同，支原體污染無法通過視覺檢查發現。它們非常小甚至能夠通過大多數的無菌濾膜；它們還對常用抗生素有抗藥性。所以必需進行支原體污染的常規篩查。