通常液體細胞培養基避免- 20 ℃凍存，因為解凍時可能會有營養成份析出，影響培養效果；正常情況下于2℃~8℃避光保存，使用前從冰箱取出，放入室溫進行平衡。通常的液體培養基有效期是6個月到12個月。液體細胞培養基盡量避免長期貯存，其中的谷氨酰胺會隨著儲存時間的延長而慢慢分解，如果細胞生長不良，可考慮檢測培養基中的谷氨酰胺含量確定是否再補加谷氨酰胺。市售商業化液體細胞培養基有具體的有效期，對于使用干粉細胞培養基自行配制成液體以后，也應低溫（2℃~8℃）貯存，除培養基中如谷氨酰胺易降解之外，培養基中的其他成份隨著溫度的升高也可能會發生降解或是析出。
在國內傳統的生物制品過程中，配制的細胞培養基過濾后用轉瓶進行分裝，為防止液體過濾及分裝時可能存在的污染性問題，常采用配制后于37℃擱置一段時間（7~14天），無菌方敢使用，但是對比試驗顯示，低溫貯存的細胞培養基培養細胞的效果好于37℃存貯，通常對于過濾設備的驗證合格后，過濾過程中間隔取樣進行無菌驗證即可；并且大批量長時間的高溫貯存除可能對營養成份造成降解外，場地及高溫的保持也造成了成本的提高。目前，對于一些較大規模的生物制品，已經實現管道化配制、使用，污染的安全性明顯降低。
工業化中通常采購干粉細胞培養基，與液體培養基相比，存儲方便且價格便宜，干粉細胞培養也應長期貯存在2~8℃，尤其是對于一些營養豐富的低血清和無血清細胞培養基，成份復雜且含量較高，有些成分的溶解性較低，過程中采用特殊的加工工藝提高其溶解性的同時，如果長期的高溫或低溫條件，也有可能改變其理化性質，在購買或是使用過程中，須嚴格按照產品說明書進行存儲。