長期低溫冰凍必然會導致部分細胞死亡，而且很多時候我們要把細胞樣本拿來重新接種做實驗，所以解凍再凍的過程也會導致細胞死亡。那么起始樣本的細胞濃度就要達到一定的高度，這樣在以后保存的過程中就算死亡一些細胞，我們也還有很多有效細胞可以用，一般來說這個起始細胞密度要達到10的七次方的樣子（單位：細胞/mL）。
除了常見抗凍劑甘油外，我們也會添加多糖（polysaccharide）或者葡聚糖（dextran）或某些蛋白質用來吸附在細胞表面形成保護薄膜，防止在冷凍過程中對細胞的破壞。
另外在解凍細胞樣本的時候，在低溫條件下，不要讓整個細胞樣本解凍成液體，只要解凍到少量液態樣本出現就好。這樣也可以幫助更多的樣本存活過一次解-再凍的過程，方便下次或多次使用。
關于凍干保存，其實并不是所有的細菌都適合凍干，有的細菌沒法在凍干過程中存活。所以如果你實在需要超長時間保存（超過十年）你的樣本，一定要自己驗證一次，看凍干細胞再培養能不能成功。