近年來科學家們在所有癌癥干細胞類型（膠質母細胞瘤、結腸癌、胰腺癌、肺癌）中發現了具有自我更新能力，啟動腫瘤發生的細胞，因此討論不再圍繞著“癌癥干細胞是否存在？”了，而是變成了“癌癥干細胞的類型有多少種？
要想了解癌癥干細胞并不容易，其中一大阻礙就是癌癥干細胞的獲得，許多醫院會對腫瘤樣品進行冷凍切片，而要從解凍組織中獲得可用的細胞就沒有從新鮮樣品中取樣那么簡單了。
多年來，癌癥研究人員都在試圖解答為何經過了成功的*或者放療的患者，還是會出現復發呢，這個問題直到上個世紀70年代末的時候，癌癥干細胞假說的出現才有了答復，假定了一小部分的癌細胞可以無限期地自我更新，從而引起不同細胞類型的腫瘤。這一假說也解釋了為什么許多癌癥藥物會對標準的治療進程產生抗藥性：這些藥物并沒有影響到干細胞群。在1997年發現了急性髓系白血病（AML）血液樣品中的癌癥干細胞，但是由于采用表面標記物證明實體腫瘤中癌癥干細胞的存在，常常會出現不一致的結果，因此這一理論也引發了激烈的討論。
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