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1. 簡單皮實。離子阱系統（包括3D離子阱和2D線性離子阱）通常都構造相對簡單，沒有像Orbit Trap所需要的C-Trap、Z-Lens等復雜的離子傳輸電鏡；對工作環境要求不嚴苛，沒有像TOF一樣需要對環境溫度和試驗臺震動有著近乎苛刻的要求。相比較Q系統需要至少三套獨立射頻RF系統來飛別控制三個四極桿，一臺離子阱系統，通常只需要一組射頻RF就足夠。簡單的構造帶來的直接特點就是故障率低，皮實耐用。另一個由構造簡單帶來的特點是容易小型化，這也是為什么現在小型化質譜系統大多是基于離子阱技術的原因。2. 多極質譜。一般來說，多極質譜技術分為兩種，Tandem-in-space空間多極質譜/Tandem-in-time時間多極質譜。對于分析復雜混合樣品，多極質譜能很大程度去除背景干擾，增強信噪比，同時也能在需要解析離子結構的應用中起到很大的作用。空間多極質譜通常是一類在離子傳輸飛行過程中將其打碎的技術，當然，HCD也是這個范疇，如果不配合有離子儲存和選擇能力的分析器（例如離子阱）的話，這類技術是很難做到兩級以上多極質譜的，對于需要深度解析離子結構的應用會有一些約束。時間多極質譜通常是利用離子碰撞池和離子儲存空間共享的特性，將離子在儲存空間內通過和中性媒介碰撞（例如共振激發Resonance CID）或吸取外面能量（例如UVPD）并打碎且分析的過程。在時間多極質譜領域中，離子阱是*，在同一個阱內，通過不斷選擇下一級母離子并將其打碎，目前的Thermo線性離子阱系統可以做到十極多極質譜（當然，前提是離子結構和碎裂方式允許的前提下）。以目前的情況看，即便是在做HCD一類的Beam Type CID中也少不了離子阱的影子，Thermo的Fusion和LTQ Velos Pro中都可以將在離子阱內選擇好的母離子傳到HCD碰撞池來完成碎裂并把碎片返回到離子阱進而掃描分析。