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在食品行業中的應用非常廣泛：
它可以用來檢測出食品中的：亞硝酸鹽與硝酸鹽，亞硫酸鹽，聚磷酸鹽，苯甲酸和山梨酸等組分的含量。其中，硝酸鹽和亞硝酸鹽作為食品添加劑，目前還*，因此非常有必要檢測它們在食品中殘留量。亞硫酸鹽，苯甲酸和山梨酸因為一些人對它有過敏反響，很多國家和地區嚴格限制其在食品中的含量。
在醫療衛生方面的應用：
藥物與人類的健康、生活品質的息息相關，許多藥品因為遭到純度的影響，藥效不能充分發揮，甚至產生毒副作用；服用前需作各類實驗，帶來許多麻煩，多功能離子色譜儀的檢測就比較簡單，是分離與純化藥物的*。因為離子色譜儀具備靈敏度高、快速輕便和專一性的特點，普遍利用于藥物分析，特別在影響因素較多的時候，表現得比別的辦法好。
在超純水制備行業的應用：
因為微電子行業和核發電廠中對所使用的高純水和循環水品質要求特別高，其雜質含量多小于lg/L，在現有分析檢測儀器方面，非離子色譜儀莫屬。
在石油石化行業的應用：
它可用于檢測石化煉油、化肥外排污水等成分復雜的石化工業廢水中，F-, Cl-, NO2-,PO43-,NO3-,SO42-等常見陰離子的含量。在石油開采領域中，多功能離子色譜儀還可用于測定油田水中陰陽離子的含量，效果顯著。