雖然渦輪流量計有不少其他流量計無法相比的優點，但是任何事物都會有一些不足，渦輪流量計也是如此：
1.小口徑（DN50以下）儀表的流量特性受物性影響嚴重，儀表性能難以提高。
2.當液體黏度提高時，流量計測量下限值提高，范圍度縮小，線性度變差。對于高黏度液體要用高黏度型才能保持測量特性。
3.不能長期保證校準特性，需要定期校驗，對于潤滑性差的液體，液體中含有懸浮物或磨蝕性，造成軸承磨損及卡住等問題，限制了其應用范圍，采用硬質合金軸和軸承后，比較石墨軸承情況有所改進。對于貿易儲運和高度測量要求的，配備現場校驗設備，可定期校準以保持其特性。
4.流量計受流速分布和旋轉流的影響較大，傳感器的上下游側需設置較長直管段。如安裝空間有限，可加裝流動調整器（整流器）以縮短直管段長度。
5.流體物性（密度、黏度）對流量計特性影響較大。氣體流量計易受密度影響，液體流量計對黏度變化反應敏感。由于流體物性與壓力、溫度關系密切，現場使用時壓力溫度的波動較大，要采取適當的補償措施才能保持較高的計量精度。
6.不適用于脈動流和混相流的測量。
7.由于渦輪流量計對介質清潔度要求較高，可安裝輔助設備（過濾器、消氣器）以擴大使用領域，但由此帶來壓損增大、維護量增加等副作用。