液相色譜所用基本概念：保留值、塔板數、塔板高度、分離度、選擇性等與氣相色譜一致。液相色譜所用基本理論：塔板理論與速率方程也與氣相色譜基本一致，但由于在液相色譜中以液體代替氣相色譜中氣體作為流動相，而液體和氣體的性質不相同。此外，液相色譜所用的儀器設備和操作條件也與氣相色譜不同，所以，液相色譜與氣相色譜有一定的差別。
主要有以下幾方面：
①操作條件及應用范圍不同
對于氣相色譜，是加溫操作。僅能分析在操作溫度下能汽化而不分解的物質，對高沸點化合物、非揮發性物質、熱不穩定化合物、離子型化合物及高聚物的分離、分析較為困難，致使其應用受到一定程度的限制，據統計只有大約20%的機物能用氣相色譜分析。而液相色譜是常溫操作，不受樣品揮發度和熱穩定性的限制，它非常適合相對分子量較大，難汽化，不易揮發或對熱敏感的物質、離子型化合物和高聚物的分離分析，大約占有機物的70%~80%。
②液相色譜能完成難度較高的分離工作
a.氣相色譜的流動相載氣是色譜惰性的，基本不參與分配平衡過程，與樣品分子無親和作用，樣品分子主要與固定相相互作用。而在液相色譜中流動相液體也與固定相爭奪樣品分子，為提高選擇性增加了一個因素。也可選擇不同比例的兩種或兩種以上的液體做流動相，增加分離的選擇性。
b.液相色譜固定相類型多，如離子交換色譜和排阻色譜等，作為分析時，選擇余地大；而氣相色譜并不可能。
c.液相色譜通常在室溫下操作，較低的溫度，一般有利于色譜分離條件的選擇。
③由于液體的擴散性比氣體的小105倍，因此，溶質在液相中的傳質速率慢，柱外效應就顯得特別重要；而在氣相色譜中，由色譜柱外區域引起的擴張可以忽略不計。
④液相色譜中，制備樣品簡單，回收樣品也比較容易，而且回收是定量的，適合于大量制備，但液相色譜尚缺乏通用的檢測器，一起比較復雜，價格昂貴。在實際應用中，這兩種技術是相互補充的。
綜上所述，液相色譜具有柱效高，選擇性高，靈敏性高，分析速度快，重復性好，應用范圍廣等優點，該法已成為現代分析技術的主要手段之一。目前在化學，化工，醫藥，生化，環保，農業等科學領域獲得廣泛的應用 。
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