厭氧反應器并非只有優勢，其在實際應用中存在著一些局限性。

溫度與營養物質條件對厭氧反應器的運行影響明顯。一方面，厭氧微生物的生長以及對污染物的降解效果，高度依賴精準的溫度把控。對于一些溫度較低的工業廢水，若無法有效提升并維持適宜溫度，厭氧反應器的處理效能便會大打折扣。另一方面，厭氧微生物生長代謝對氮、磷等營養元素需求頗高。一旦廢水中這些營養物質匱乏，厭氧微生物的活性將受抑制，進而阻礙整個反應器的正常運行。

厭氧反應器的穩定性欠佳。由于厭氧微生物生長速率緩慢，對外部環境變化的適應能力較弱，極易受到外界因素干擾。諸如溫度的頻繁波動、營養物質成分與含量的改變，以及廢水 pH 值的不穩定等，都可能導致厭氧反應器處理效果出現較大起伏，難以始終維持在穩定高效的狀態。

處理速度亦是厭氧反應器的短板。受限于厭氧微生物緩慢的生長速率，廢水在厭氧反應器內的處理進程相對遲緩，處理效率難以與部分處理要求嚴苛、追求高效處理的場景相匹配。

綜上，盡管厭氧反應器在處理高濃度有機廢水、含硫化物和氮化物廢水時優勢突出，且具備能耗低、污泥產量少等優點，但對溫度和營養物質的高要求、穩定性差以及處理速度慢等局限性也不容忽視。在抉擇廢水處理設備時，需依據不同的處理需求以及實際工況，全面權衡厭氧反應器的利弊，做出最為適宜的選擇 。