細菌發光急性毒性評價與遺傳毒性評價結合可較全面反應水質的情況。應用細菌發光試驗及Ａｍｅｓ試驗對比研究了武漢市易家墩、黃孝河污灌區工業廢水的急性毒性及致突變性，同時應用色質譜（ＧＣ／ＭＳ）分離鑒定技術測定了工業廢水中有機污染物的化學組成。結果表明，羅家渠廢水的急性毒性、致突變活性在所研究廢水中嚴重：廢水中急性毒性物質主要包括、苯甲酸苯甲酯等。致突變致癌物包括聯苯、萘等１２３１。

另外利用發光細菌的暗變種，也可直接檢測化學品的基因毒性，此技術稱為“Ｍｕｔａｔｏｒ'’。Ｋｗａｎ等人將Ｍｕｔａｔｏｒ結合到一組生態毒性篩選試驗中，在加拿大的Ｙａｍｅｓｋａ河流盆地監測河水和沉積物的基因毒性，Ｈｏｋｅ等人在美國大湖地區運用了Ｍｉｃｒｏｔｏｘ對沉積物和間隙水中的基因毒性進行檢測，我國學者顧宗濂等人也從明亮發光桿菌Ｔ３小種分離到了自發的暗變種Ｔ９１７１菌株，并以此檢測了化學品致突變效應。張秀君等用其檢測十種化合物，其中六種化合物呈致突變陽性，二種化合物呈可疑陽性，二種化合物呈陰性反映，該方法比傳統的Ａｌｎｅｓ試驗檢測化合物的靈敏度高１２４１。趙華清等人用發光細菌法檢測、溴化乙錠、甲基磺酸乙酯的基因毒性顯示為陽性、、縮水甘油、硫酸二乙酯、硫酸鋅、重鉻酸鉀為可疑陽性。對多種環境樣品檢測結果顯示檢出２個環境樣品，７個可疑樣品，激活系統Ｓ９能極大地提高試驗的靈敏度１２５１。實驗顯示發光細菌法的靈敏度與Ａｍｅｓ試驗相似。

發光細菌法對某些具有基因毒性的化合物的檢測不敏感，這主要與它的作用機理有關，發光細菌法是利用發光細菌暗變種在基因毒物的誘導下回復突變，恢復正常發光，移碼劑主要使發光細菌暗變種的發光系統阻遏物結合操縱子位置的能力發生改變。ＤＮＡ插入劑以共價鍵與發光細菌的ＤＮＡ結合，產生移碼突變，ＤＮＡ損傷劑啟動“ＳＯＳ功能”，使發光系統阻遏物失物。因而，該方法一般僅對ＤＮＡ損傷劑、ＤＮＡ插入劑、ＤＮＡ合成抑制劑及引起堿基替代、移碼的直接誘變劑敏感，對基因毒物的篩選具有特異性。