高質量菌群DNA提取方法，包括糞便采集、保存和提取，采集的適量新鮮糞便溶解于在采樣管中的緩沖液中形成樣品保存，然后對緩沖液中新鮮糞便菌群進行預處理，去除緩沖液后形成糞便沉淀，然后進行菌群DNA提取；
其特征在于：
對菌群DNA提取包括以下步驟：
1.、裂解分離；該步驟中：在糞便沉淀中加入裂解緩沖液，于40－70℃條件下靜置1.5?2.5h，離心分離，取上清液，用混合有機溶劑抽提出DNA；
2.析出；該步驟中：向含DNA的抽提液中加入0.1～1倍體積2～4M濃度的NaAC和1～2倍體積的無水乙醇充分混勻后于?10～?30℃條件下靜置0.5～lh，離心分離，析出DNA沉淀，將析出的DNA沉淀室溫下干燥；
3.純化處理；該步驟中：向沉淀中加pH6～7的Tris?HCI緩沖液和硫氰酸胍(GuSCN)至DNA沉淀*溶解，然后加入二氧化硅微珠懸浮液，搖勻，離心分離，用50?80％乙醇洗滌硅珠沉淀，分離，脫去硅珠中殘存的乙醇后加入TE液洗脫，離心分離得到含DNA的TE液。